便攜式熒光定量PCR儀

前言

本標(biāo)準(zhǔn)按 GB/T 1.1-2009給出的規(guī)則起草。本標(biāo)準(zhǔn)由中國獸醫(yī)協(xié)會(huì)提出并歸口。本標(biāo)準(zhǔn)起草單位:中國動(dòng)物疫病預(yù)防控制中心、中國獸醫(yī)藥品監(jiān)察所、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院哈爾濱獸醫(yī)研究所、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院蘭州獸醫(yī)研究所、北京海關(guān)。

非洲豬瘟病毒實(shí)時(shí)熒光PCR檢測方法

1、范圍

本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了非洲豬瘟病毒實(shí)時(shí)熒光PCR檢測方法的試劑、儀器和耗材、操作步驟、結(jié)果判定、實(shí)驗(yàn)室生物安全等技術(shù)要求。

本標(biāo)準(zhǔn)適用于豬脾臟、淋巴結(jié)、血液等組織和血粉中非洲豬瘟病毒核酸的檢測。

2、規(guī)范性引用文件

下列文件對(duì)于本文件的應(yīng)用是*的。凡是注日期的引用文件，僅注日期的版本適用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其版本(包括所有的修改單)適用于本文件。

GB 19489 實(shí)驗(yàn)室 生物安全通用要求

NY/T 541 獸醫(yī)診斷樣品采集、保存與運(yùn)輸技術(shù)規(guī)范

3、試劑

3.1DNA提取試劑

DNA提取試劑的配制見附錄A，或選取商品化的病毒DNA提取試劑盒并參照說明書進(jìn)行DNA提取。

3.2 2 × PCR緩沖液

2× PCR緩沖液的配制見附錄A。

3.3引物探針

3.3.1采用針對(duì)非洲豬瘟病毒VP72基因(核苷酸序列見附錄B)的引物及探針:

上游引物ASF-CADC-rPCRF:5'-1528-ATAGAGATACAGCTCTTCCAG-1548-3'

下游引物ASF-CADC-rPCRR:5'-1660-GTATGTAAGAGCTGCAGAAC-1679-3'

熒光探針ASF-CADC-Probe:5'-1638-FAM-TATCGATAAGATTGAT-MGB-1653-3'

3.3.2可以使用世界動(dòng)物衛(wèi)生組織(OIE)在陸生動(dòng)物診斷技術(shù)和疫苗手冊(cè)(Manual of Diagnostic Tests andVaccines for Terrestrial Animals)第2.8.1章African Swine Fever中提供的引物和探針，并按照手冊(cè)中規(guī)定的檢測程序和判定標(biāo)準(zhǔn)操作:

上游引物ASF-OIE-rPCRF:5'-1627-CTGCTCATGGTATCAATCTTATCGA-1651-3'

下游引物ASF-OIE-rPCRR:

5'-1857-GATACCACAAGATCRGCCGT-1876-3'

熒光探針ASF-OIE-Probe:

5'-1761-FAM-CCACGGGAGGAATACCAACCCAGTG-TAMRA-1785-3'

3.3.3使用國家農(nóng)業(yè)行政主管部門批準(zhǔn)的其他引物、探針，應(yīng)對(duì)檢測程序和判定標(biāo)準(zhǔn)作相應(yīng)調(diào)整。

3.4 陰性及陽性對(duì)照

陰性及陽性對(duì)照的制備方法見附錄C。

3.5 其他試劑

消毒液、5U/μLTaq DNA聚合酶、無菌無核酸酶水、0.01mol/L PBS(pH7.2)。

消毒液配制見附錄A， 0.01mol/L PBS配制見附錄A。

4、儀器和耗材

分析天平(感量0.1 mg)、高速臺(tái)式冷凍離心機(jī)(高離心速度不低于12 000 r/min)、冰盒、實(shí)時(shí)熒光PCR儀及配套反應(yīng)管(板)、組織研磨器、-20℃冰箱、可調(diào)移液器(2 μL，20 μL，200μL，1 000 μL)、1.5mL離心管(無核酸酶)。

5、操作步驟

5.1 樣品采集及運(yùn)輸

樣品采集及運(yùn)輸按照NY/T 541的規(guī)定執(zhí)行，采集豬的脾臟、淋巴結(jié)、血液等組織材料或血粉用于檢測，樣品應(yīng)在冷藏條件下盡快運(yùn)輸至實(shí)驗(yàn)室，避免反復(fù)凍融。采樣時(shí)應(yīng)穿戴個(gè)人生物安全防護(hù)裝備，實(shí)施現(xiàn)場消毒和廢棄物處理。

5.2 樣品處理

檢測前樣品應(yīng)在二級(jí)生物安全柜中處理。取0.1g~0.2g組織或血粉，經(jīng)研磨破碎后加1mL的0.01mol/L PBS(pH7.2)制成勻漿，經(jīng)10 000 r/min離心取上清;全血、血清樣品直接取1mL，置于1.5 mL離心管內(nèi)蓋緊管帽。將上述處理的樣品置于60℃條件下滅活30min。

5.3 樣品保存

采集或處理好的樣品在2℃~8℃條件下保存應(yīng)不超過24 h;如需長期保存，應(yīng)放置-70℃冰箱，但應(yīng)避免反復(fù)凍融(凍融不超過3次)。

5.4 病毒DNA提取

5.4.1 DNA提取應(yīng)在樣本制備區(qū)內(nèi)采用以下方法進(jìn)行，若使用其他等效的病毒DNA提取試劑，則按照試劑說明書操作。

5.4.2 待檢樣品、陽性對(duì)照和陰性對(duì)照的份數(shù)總和用n表示，取n個(gè)滅菌1.5 mL離心管，逐管編號(hào)。

5.4.3 每管加入200μL DNA提取液1，然后分別加入待測樣品、陰性對(duì)照和陽性對(duì)照各200μL，1份樣品換用1個(gè)吸頭，混勻器上震蕩混勻5s。于4℃~25℃條件下，13 000 r/min離心10 min。DNA提取液1見附錄A。

5.4.4 盡可能吸取上清、棄去，吸頭不要碰到沉淀，再加入10 μL DNA提取液2，混勻器上震蕩混勻5 s。于4℃~25℃條件下，2 000 r/min離心10s。DNA提取液2見附錄A。

5.4.5 100℃干浴或沸水浴10 min。

5.4.6 加入90μL無DNA酶的滅菌去離子水，13 000 r/min離心10 min，上清即為提取的DNA，-20℃保存?zhèn)溆谩oDNA酶的滅菌去離子水見附錄A。

5.5 實(shí)時(shí)熒光PCR操作

5.5.1 在反應(yīng)混合物配制區(qū)、樣品制備區(qū)和檢測區(qū)分別進(jìn)行5.5.2~5.5.4。

5.5.2 每個(gè)檢測反應(yīng)體系需使用20μL實(shí)時(shí)熒光PCR反應(yīng)液。根據(jù)5.4.2中設(shè)定的n值，按附錄D配制反應(yīng)液，充分混勻后分裝，每個(gè)PCR反應(yīng)管20μL。轉(zhuǎn)移PCR反應(yīng)管至樣品制備區(qū)。

5.5.3 在上述5.5.2的反應(yīng)管中分別加入5.4中提取的DNA溶液5μL，使每管總體積達(dá)到25 μL，記錄反應(yīng)管對(duì)應(yīng)的樣品編號(hào)。蓋緊管蓋后，瞬時(shí)離心。

5.5.4 將5.5.3加樣后的反應(yīng)管放入實(shí)時(shí)熒光PCR檢測儀內(nèi)，記錄反應(yīng)管擺放順序。選定5-羧基熒光素(FAM)作為報(bào)告基團(tuán)，小溝結(jié)合物(MGB)為淬滅基團(tuán)，反應(yīng)參數(shù)設(shè)置如下:預(yù)變性95℃/3 min;95℃/15 s，52℃/10 s，60℃/35 s，45個(gè)循環(huán);在每次循環(huán)的60℃退火延伸時(shí)收集熒光。試驗(yàn)結(jié)束后，根據(jù)收集的Ct值和熒光曲線判定結(jié)果。

6、結(jié)果判定

6.1 結(jié)果分析條件設(shè)定

實(shí)時(shí)熒光PCR檢測閾值設(shè)定原則:閾值線超過陰性對(duì)照擴(kuò)增曲線的高點(diǎn)，且相交于陽性對(duì)照擴(kuò)增曲線進(jìn)入指數(shù)增長期的拐點(diǎn)，或根據(jù)儀器噪聲情況進(jìn)行調(diào)整。每個(gè)樣品反應(yīng)管內(nèi)的熒光信號(hào)到達(dá)設(shè)定的域值時(shí)所經(jīng)歷的循環(huán)數(shù)即為Ct值。

6.2 結(jié)果描述及判定

當(dāng)陽性對(duì)照Ct值≤28.0且出現(xiàn)典型擴(kuò)增曲線，陰性對(duì)照無Ct值無擴(kuò)增曲線時(shí)，實(shí)驗(yàn)成立，實(shí)例參考附錄E。當(dāng)被檢樣品出現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲線且Ct值≤38.0時(shí)，判為非洲豬瘟病毒核酸陽性;被檢樣品無Ct值，判為非洲豬瘟病毒核酸陰性;對(duì)于Ct值＞38.0的樣品且出現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲線，應(yīng)重檢，重檢仍出現(xiàn)上述結(jié)果的判為陽性，否則判為陰性。